1、生物有機肥價格便宜，每噸在1000多元左右；生物菌肥價格昂貴，每噸上萬元。
2、生物有機肥含有功能菌和有機質，能改良土壤促進被土壤固定養分的釋放；生物菌肥只含有功能菌，通過功能菌來促進土壤固定肥料的利用。
3、生物有機肥的有機質本身就是功能菌生活的環境，施入土壤后容易存活；而生物菌肥的功能菌可能不適合有些土壤環境。

有機肥
廣義上的有機肥俗稱農家肥，包括以各種動物、植物殘體或代謝物組成，如人畜糞便、秸稈、動物殘體、屠宰場廢棄物等。
有機肥主要來源于植物和動物，施用于土壤以提供植物營養為其主要功能的含碳物料，經生物物質、動植物廢棄物、植物殘體加工而成，消除了其中的有毒有害物質，富含大量有益物質，包括多種有機酸、肽類以及包含氮、磷、鉀在內的豐富的營養元素。不僅能為農作物提供全面營養，而且肥效長，可增加和更新土壤有機質，促進微生物繁殖，改善土壤的理化性質和生物活性，是綠色食品生產的主要養分。
生物菌肥
生物菌肥是在有機肥料中加入有益生物菌群，起到固氮，降解土壤中的有機養分，抑制土傳病害和改良土壤的作用。肥料中的菌是施到土壤中再發揮作用的。生物菌肥只含有功能菌，通過功能菌來提高土壤固定肥料的利用。生物有機肥的有機質本身就是功能菌生活的環境，施入土壤后容易存活；而生物菌肥的功能菌可能不適合某些土壤環境。
生物菌肥是以微生物的生命活動導致作物得到特定肥料效應的一種制品，是農業生產中使用肥料的一種。國內外多年試驗證明，用根瘤菌接種大豆、花生等豆科作物可提高共生固氮效能，確實有增產效果，合理應用其它菌肥拌種或施用微生物肥料，對非豆科農作物也有增產效果，而且具有化肥達不到的效果。微生物肥料是活體肥料，它的作用主要靠它含有的大量有益微生物的生命活動來完成，只有當這些有益微生物處于旺盛的繁殖和新陳代謝的情況下，物質轉化和有益代謝產物才能不斷形成。
但生物菌肥的價格很高，沒有幾個農戶會選擇它，一般在農村，農民都是選擇化肥，連有機肥都不是第一選擇的。所以希望農科研究所可以把成本降低，這樣農民也可以選擇生物菌肥減少對土地的污染了，還可以增加產量。